地区：上海市 宝山区
关键词：嘉兴市妇幼保健院
成果类型：其它
成果领域：生物与新医药
成果编号：A2021061000001723
成果描述：
| 该研究利用磁珠富集法浓缩、提取分离孕妇尿液中游离的胎儿DNA方法，构建高通量测序文库，利用先进的新一代高通量（深度）测序技术，对每一个样本获得至少2000万条序列，通过生物信息学分析，进行染色体非整倍性的无创产前诊断研究。力争通过该研究建立孕妇易接受的无创产前诊断技术，克服介入性诊断造成的孕妇恐惧心理，提高产前诊断的覆盖率，有效降低人口出生缺陷。关键技术1.收集羊水穿刺核型分析正常的100名孕妇尿液样本，同时收集羊水穿刺核型分析确诊为18-三体、21三体，13三体各10名的孕妇尿液。2.利用项目组自主开发成熟的磁性颗粒超短片段DNA纯化富集技术抽提尿液游离DNA。3.通过对100例正常孕妇进行尿液游离DNA高通量测序，建立高通量测序数据库。4.通过对15名男胎、15名女胎孕妇的尿液DNA进行高通量测序数据库，以此数据库来建立正常孕妇的检测基线。5.收集怀有18-三体、21三体，13三体染色体非整倍体患儿的孕妇尿液各10例，对游离DNA进行测序，通过比对正常孕妇的数据库，建立非整倍体分析阈值曲线。6.对已有的样本随机分析，检测是否能用建立的分析阈值发现染色体非整倍体。从2014年1月-2015年1月课题组收集了120例孕妇的尿液，其中21-三体15例，18-三体4例，13-三体一例。每一个样本课题组通过Illumina Hiseq2000平台测序，每个样本的总reads数不小于5M。样本的质量也都在Q20以上。测序质量符合预期。为提高数据匹配的准确性，对原始数据进行进一步处理，去除原始reads中带有N的序列，最终得率在70%左右。通过对15名男胎、15名女胎孕妇的尿液DNA进行高通量测序数据库，以此数据库来建立正常孕妇的检测基线。通过对100例正常孕妇进行尿液游离DNA高通量测序，建立高通量测序数据库。利用21-三体15例，18-三体4例，13-三体一例，对游离DNA进行测序，通过比对正常孕妇的数据库，建立非整倍体分析阈值曲线。最后得出计算公式：用30例样本数据用于正常对照库的构建。通过计算唯一比对到第N号染色体的序列数量占所有序列数量的百分比%chrNreference，30例样本的%chrNreference平均值mean%chrNreference和标准差S.D.%chrNreference。然后，计算Z值，即待测样本唯一比对到染色体chrN的序列数量百分比%chrNsample与正常对照库均值的差值除以正常对照库的标准差。 |
